Comptes Rendus
no. 5
Statistics/Probability Theory
An iterative procedure for differential analysis of gene expression
[Procédure itérative pour l'analyse différentielle d'expression de gènes]

Présenté par : Paul Deheuvels

Avner Bar-Hen1 ; Stéphane Robin2
1 Université Aix-Marseille III, FST Saint Jérôme, case 451, 13397 Marseille cedex 20, France
2 INA-PG/INRA Biométrie, 16, rue Claude Bernard, 75005 Paris, France
Comptes Rendus. Mathématique, Volume 337 (2003) no. 5, pp. 343-346.

Les biopuces constituent une technologie très utilisée pour étudier si des gènes s'expriment différemment entre deux conditions. Dans cette Note nous proposons une méthode itérative pour rechercher le plus grand sous-ensemble de gènes non-différentiellement exprimés. Nous prouvons une relation de type chaı̂ne de Markov d'ordre deux qui simplifie fortement les calculs. Nous obtenons de manière explicite le FDR associé à notre procédure ainsi que le niveau du test à chaque étape.

Microarrays are a popular technology to study genes that are differentially expressed between two conditions. In this Note, we propose an iterative procedure to determine the biggest subset of non-differentially expressed genes. We prove a pseudo Markov relationship that allows practical computations. We obtain explicit expressions for FDR and the level of the proposed test at each step.

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DOI : 10.1016/S1631-073X(03)00365-0

Avner Bar-Hen 1 ; Stéphane Robin 2

1 Université Aix-Marseille III, FST Saint Jérôme, case 451, 13397 Marseille cedex 20, France
2 INA-PG/INRA Biométrie, 16, rue Claude Bernard, 75005 Paris, France 
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Avner Bar-Hen; Stéphane Robin. An iterative procedure for differential analysis of gene expression. Comptes Rendus. Mathématique, Volume 337 (2003) no. 5, pp. 343-346. doi : 10.1016/S1631-073X(03)00365-0. https://comptes-rendus.academie-sciences.fr/mathematique/articles/10.1016/S1631-073X(03)00365-0/

[1] Y. Benjamini; Y. Hochberg Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, JRSSB, Volume 57 (1995) no. 1, pp. 289-300

[2] S. Holm A simple sequentially rejective multiple test procedure, Scand. J. Statist., Volume 6 (1979), pp. 65-70

[3] V.G. Tusher; R. Tibshirani; G. Chu Significance analysis of microarrays applied to the ionizing radiation response, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, Volume 98 (2001), pp. 5116-5121

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